Doczytałem też, że usunęli podział na pokolenia w GC. Czyli pewnie muszą teraz skanować więcej obiektów przy odśmiecaniu pamięci.

Ogólnie zarządzanie referencjami do obiektów w Pythonie jest strasznie upierdliwe. Rozszerzenia muszą to robić ręcznie i natywny kod potrafi być usiany tymi Py_INC/DECREFami.
Debugowanie błędów w tych licznikach jest skomplikowane nawet bez wielowątkowości. Teraz będzie pewnie o rząd wielkości trudniej.